低聚果糖在大肠内被细菌发酵生成L-乳酸，可以溶解钙、镁、铁等矿物质，促进人体对矿物质的吸收。实验证实，低聚果糖促进钙的吸收率达70.8%。因此，低聚果糖可以促进生长发育和防止骨质疏松症。
低聚果糖极少会被消化道中的胃酸和酶分解，极难被人体吸收。据测定，低聚果糖的热值为1.5Kcal/g以下，而蔗糖热值为4.6Kcal/g，因此摄入低聚果糖后，不会引起肥胖，是理想的、低热值的功能性甜味剂。
低聚果糖不能被突变链球菌利用生成不溶性葡聚糖而提供口腔微生物沉积、产酸和腐蚀的场所(牙垢)，因此可以防止龋齿。
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