消化道出血

克罗恩病可以发生在消化道的任何一段，包括食管、胃、小肠和大肠。如果病变累及到血管则会出血：如果病变发生在食管和胃，则可以表现为吐血;如果累及直肠，则会解鲜红的血便，出血量与累及的血管的粗细和血管压力有关，血管(尤其是动脉)越粗，则出血量越大，甚至还会出现晕厥。如果哪天自己发现大便变黑或者呈暗红色，或者吐血了，就要考虑可能并发了消化道出血。

肠梗阻

克罗恩病影响肠壁的厚度。随着时间推移，部分肠管增厚，变窄，导致消化道阻塞，消化的食物不能通过。可能需要手术切除病变肠管。

溃疡

慢性炎症可以导致消化道任何部位出现溃疡，包括口腔、肛门，以及会阴部。

瘘管

有些溃疡深达肌层，继而可以穿透肠壁，产生瘘管，即不同器官之间异常的联通。瘘管可以出现于肠管和皮肤之间，或者肠管与其他器官之间。肛门周围的瘘管最为常见。

当腹部出现瘘管时，食物会绕过吸收营养的肠管。瘘管也可能发生在肠管之间，或者向膀胱、阴道、皮肤穿透，导致肠道内容物从皮肤流出。

部分病例中瘘管可能合并感染，形成脓肿，不治疗可能危及生命。